Praktický kurz použití softwaru Cytogenomics a interpretace dat z aCGH

Připravujeme pro Vás praktický jednodenní workshop zaměřený na použití a ovládání softwaru Cytogenomics od firmy Agilent a následné vyhodnocování a interpretaci výsledků analýz aCGH.

Obsahem workshopu bude nejdříve pokročilé ovládání, nastavení programu Cytogenomics a vyhodnocování QC matrice. Touto částí Vás provede aplikační specialista Tomáš Antl (HPST).

Následně se pod vedením zkušeného odborníka Mgr. Jana Drábová, Ph.D. z pracoviště ÚBGL FN Motol naučíte nejen používat software Cytogenomics, ale rovněž se dozvíte, jak samotné výsledky interpretovat.

Součástí kurzu bude i seznámení se softwarem Alissa od firmy Agilent, což je velkoobjemový bioinformatický nástroj na zpracování jak NGS dat, tak i dat z aCGH.

Kdo Vás bude školit?

Mgr. Jana Drábová Ph.D. (ÚBGL FN Motol) je jeden z nejzkušenějších odborníků na metodu aCGH. Její práce zahrnuje vyhodnocování a interpretaci stovek analýz aCGH. Většinou postnatální vzorky, které vykazují jisté patologické znaky.

 Pro koho je workshop určený?

  • Workshop je určený všem, kdo pracují s aCGH (microarrays)
  • Počet účastníků je omezen na 10.

 Co je náplní workshopu?

  • Odborná přednáška na téma genomových přestaveb a detekce pomocí metody aCGH (odborná část kurzu bude vedena Mgr. Janou Drábovou Ph.D. z pracoviště ÚBGL ve FN Motol)
  • Představení, vyzkoušení a procvičení používání softwaru Cytogenomics
  • Na konkrétních příkladech se každý naučí nejen vyhodnotit, ale i interpretovat výsledky analýz aCGH

Co s sebou?

  • Vlastní počítač, pokud máte (pokud ne, při včasné dohodě Vám ho poskytneme)

Stručný popis metody aCGH

aCGH (array comparative genome hybridization) je technologie umožňující molekulárně-biologické analýzy paralelního rázu, především analýz chormozomálních aberací. Array je skleněná destička, s mnoha řetízky DNA oligonukleotidů. Po kontaktu takovéto destičky s testovaným vzorkem − směsí označených DNA vláken − molekuly vzorku hybridizují s komplementárními molekulami přichycenými na destičce. Poté jsou (typicky na bázi fluorescence) detekována místa, kde došlo k hybridizaci a je tak zjištěno, jaké množství cílových sekvencí DNA vzorek obsahoval. Jediný experiment produkuje velké množství dat, proto je pro porozumění výsledků vždy nutné použít metody bioinformatiky.

Termín workshopu: 5. dubna 2018 (od 9.00 do 16. 00 hodin)

Místo konání: sídlo společnosti HPST, Na Jetelce 69/2, Praha 9, 190 00 (mapa)

Školitelé: Tomáš Antl, Jana Drábová

Cena: 1.990,- Kč bez DPH  (v ceně je zahrnuto drobné občerstvení a oběd)

Přihlášení: e-mailem na dgg [at] hpst.cz, do předmětu prosím uveďte „Cytogenomics - Workshop“

Těšíme se na setkání!