Praktický kurz detekce CNV pomocí NGS: od přípravy knihovny po analýzu dat

Připravujeme pro vás praktický jednodenní workshop zaměřený na přípravu NGS knihovny určené pro detekci CNV (copy-number variation) ze vzorků s minimálním vstupním množstvím DNA.

Otestujte si vlastní vzorky technikou target enrichment pod odborným vedením. Během workshopu si vyzkoušíte přípravu vlastních vzorků a projdete si kompletní laboratorní postup.

Pro koho je workshop určený?

  • Workshop je určený všem zájemcům o praktické vyzkoušení přípravy knihovny pro detekci CNV pomocí NGS.
  • Počet účastníků je omezen na 8.

Co je náplní workshopu?

  • Na workshop si může každý účastník přinést dva vzorky s buňkami nebo genomovou DNA. Během jednoho dne si každý účastník připraví knihovnu s tím, že si lze s námi domluvit i osekvenování těchto vzorků a zúčastnit se i volně navazujícího bioinformatického kurzu, jehož součástí bude i analýza těchto osekvenovaných dat.  Součástí tohoto jednodenního workshopu jei  rešeršní úvodní přednáška do bioinformatické analýzy CNV.
  • Téma dataanlýzy CNV bude dále rozvinuto ve výše zmíněném  samostatném bioinformatickém kurzu.
  • Knihovny budou připraveny pomocí kitu PicoPlex DNA-seq (Takara).

PicoPlex DNA-seq Kit je sada na přípravu knihovny pro NGS (platformy Illumina). Tento systém je zejména vhodný pro preimplantační diagnostiku, prenatální vzorky a pro experimenty pracující s velmi malým vstupním množstvím DNA. Díky kitu DNA-seq můžete spolehlivě a reproducibilně detekovat CNV a aneuploidie. To vše s minimálním vstupním množstvím DNA (z jednotlivých buněk, nebo 6-60 pg samotné genomová DNA). V jednom kitu najdete vše, co je nutné pro izolaci DNA i přípravu knihovny. Výhodou je rovněž protokol, který omezuje možnost kontaminací a to díky přípravě knihovny v jediné zkumavce. Za méně než 3 hodiny si můžete z jediné buňky připravit knihovnu pro NGS sekvenaci.

Kdy: 14.září 2017

Kde: laboratoř HPST, s.r.o., Praha

Školitel: Mgr. Tomáš Antl a Mgr. Tomáš Hron

Cena:

  • cena bez sekvenace: 4 500,- Kč bez DPH
  • cena se sekvenací: 6 000,- Kč bez DPH

V ceně je zahrnuto občerstvení a veškerý spotřební materiál.

Registrace: e-mailem na dgg [at] hpst.cz, do předmětu prosím uveďte "Analyza CNV - Workshop".

 

Časté otázky a odpovědi:

1. Jaké vzorky mohu pro přípravu knihovny použít?

Input od 1 do 10 savčích buněk (blastomery, polární tělíska, trofoblasty, amniocyty, buňky z kultur). Vysortované chromozomy. Izolovaná DNA (6-60 pg lidské DNA).

2. Jak je protokol dlouhý?

Přibližně tři hodiny, od buněčné lýze až po připravenou sekvenovatelnou knihovnu.

3. Jaké typy buněk byly s PicoPlex DNA-seq Kitem testovány?

Jednotlivé blastomery, buňky trofektodermu a buňky z kultur.

4.  Jaké metody sběru buněk jsou kompatibilní s kitem PicoPLEX DNA-seq?

Flow sorting, ředění a mikromanipulace jsou vše metody kompatibilní s kitem PicoPLEX DNA-seq.

5.  Měly by být buňky nějak předem promyté?

Ano, buňky by měly být promyté kvůli minimalizaci extracelulární DNA nebo kontaminaci z růstového média. Doporučené je promýt buňky v PBS (Ca-free, Mg-free, and BSA-free).

 

Potřebujete více informací?

Kontaktujte prosím Mgr. Tomáš Antla nebo Mgr. Tomáše Hrona na 244 001 245 nebo e-mailem na dgg [at] hpst.cz.