Bioinformatická analýza s Galaxy bez znalosti příkazového řádku 23.1.-24.1. 2018

Nabízíme dvě místa na lednovém kurzu 23.1.-24.1.!

Sekvenování nové generace (NGS) přináší spoustu možností, má ale také svá úskalí. Výsledkem této analýzy je velké množství dat, které přesahuje možnosti běžných tabulkových procesorů, jako je např. Excel. Existuje množství přednastavených softwarů, které mají většinou poměrně příznivé grafické rozhraní, ale zároveň postrádají flexibilitu a jsou do jisté míry i typickými „blackboxy“.

  • Potřebujete data z NGS zpracovat jinak, než vám nabízí software?
  • Chcete zopakovat NGS analýzu pro nové vzorky nebo s jinými parametry?
  • Můžete se začít učit pracovat s příkazovým řádkem, nebo se můžete na našem kurzu naučit pracovat s webovým nástrojem Galaxy.

Galaxy je webová platforma, dovolující prací s nástroji pro příkazovou řádku (bowtie, samtools, SnpEff, VarScan, gemini) aniž byste ji museli používat. Galaxy také dovoluje nejrůznější práci s textovými soubory (seřazování, pokročilé vyhledávání, spojení dat, agregace atd.). Začít používat Galaxy je snadné. Stačí se zdarma zaregistrovat anebo nainstalovat Galaxy na váš server. Nabízíme vám dvoudenní kurz, který vám pomůže zorientovat se mezi velkým množstvím nástrojů a začít efektivněji samostatně analyzovat data z NGS.

Náplň kurzu:

  • Seznámíme se s jednotlivými nástroji a s tím, jak lze vytvářet workflow, sdílet svojí analýzu a vytvářet reporty.
  • Budete mít možnost vyzkoušet si zanalyzovat i vlastní DNA a RNA data pod dohledem zkušeného bioinformatika.
  • Po absolvování našeho kurzu začnete mít bioinformatiku rádi!                   

Školitel:  Mgr. Tomáš Hron

Datum: 23.1.-24.1. 2018

Délka školení: 2 dny

Místo:  ve školící místnosti HPST, s.r.o., Na Jetelce 69/2, Praha 9 (v blízkosti Nádraží Vysočany)

Cena: 7.500,- Kč/osobu

Přihlášky a další informace: dgg [at] hpst.cz

Vybíráme z ohlasů na uplynulá školení: «Jsem díky Vám mezi kolegyněmi za hvězdu!»  (Mgr. Josef Včelák, Endokrinologický ústav, Oddělení molekulární endokrinologie)

V případě zájmu o školení, bioinformatickou analýzu nebo konzultaci v oblasti zpracování dat nás neváhejte kontaktovat na dgg [at] hpst.cz nebo kontaktujte přímo Tomáše Hrona na thron [at] hpst.cz.