Praktický workshop přípravy NGS knihovny ACCEL-AMPLICON™ 24G PANEL s vyhodnocením

Otestujte si pod odborným vedením vlastní vzorky pomocí sekvenace nové generace spojené s cílenou analýzou vybraných genů.

V rámci workshopu si vyzkoušíte analýzu krátkých genomových variant v genech spojených s rizikem vzniku nádorového onemocnění. Součástí bude kompletní pracovní postup detekce variant pomocí NGS včetně laboratorní přípravy NGS knihovny a následného bioinformatického vyhodnocení sekvenačních dat.

ACCEL-AMPLICON™ technologie nabízí nejjednodušší a nejrychlejší postup přípravy amplikonové knihovny a umožňuje sekvenovat stovky až tisíce amplikonů v jedné zkumavce. Postup se skládá z multiplex-PCR kroku a indexovacího kroku (použité dual-index adaptéry umožňují multiplexování až 96 unikátních knihoven). Přečištění na bázi magnetických kuliček je použito k odstranění nepoužitých oligonukleotidů a ke změně složení pufrů mezi jednotlivými kroky.

Vstupní množství je od 10 ng DNA a v rámci workshopu bude mít každý možnost zpracovat si tři vlastní vzorky, které si přiveze. ACCEL-AMPLICON™ 24G PANEL byl sestaven dle zadání kódu výkonu 94981 pro hereditární nádorová onemocnění – cílí tedy na kódující sekvence všech 22 genů definovaných kódem + nabízí analýzu dalších dvou genů (BMPR1A a SMAD4).

Praktická část workshopu končí připravenými knihovnami. Sekvenaci budou následně provádět naši aplikační specialisté. Následná bioinformatická část bude zaměřena na vyhodnocení výsledných dat od zpracování hrubých sekvenačních čtení až po interpretaci detekovaných variant. Použit bude software VarSome.

Pro koho je workshop určený?

  • Workshop je určený pro zájemce, kteří by si rádi vyzkoušeli přípravu NGS knihovny pomocí ACCEL-AMPLICON™ 24G PANELU z vlastních vzorků a zároveň vyhodnotili výsledky z její sekvenace.
  • Počet účastníku je maximálně 8.

Co je náplní workshopu?

  • Nabízíme jednodenní praktický workshop na přípravu NGS knihovny použitím ACCEL-AMPLICON™ technologie od Swift Biosciences.
  • Panel je zaměřený na detekci germinálních mutací v genech spojených s nádorovými onemocněními. Cílem jsou geny zahrnuté v kódu výkonu 94981 dle úhrad zdravotních pojišťoven + dva další geny (BMPR1A a SMAD4).
  • Následovat bude také bioinformatická část workshopu s vyhodnocením dat ze sekvenace pomocí softwaru VarSome – termín bude upřesněn dle domluvy mezi účastníky.

Kdy:

  • Praktická část – 9. dubna 2019
  • Bioinformatická část – dle domluvy

Kde: HPST, s.r.o., Na Jetelce 69/2, Praha 9 - Vysočany (mapa)

Školitelé: Mgr. Petr Lněnička, Mgr. Tomáš Hron, Ph.D.

Cena: 5.500,- Kč bez DPH (V ceně jsou zahrnuty obě části, tedy praktická část i bioinformatický workshop, včetně sekvenace a také občerstvení v průběhu kurzů)

Registrace: e-mailem na dgg [at] hpst.cz (dgg [at] hpst.cz) (do předmětu prosím uveďte „Workshop – 24G PANEL“)