Praktický workshop přípravy NGS knihovny 22G Hereditary Cancer Panel s vyhodnocením

Otestujte si pod odborným vedením vlastní vzorky pomocí sekvenace nové generace spojené s cíleným nabohacením vybraných genů

V rámci workshopu si vyzkoušíte analýzu krátkých genomových variant v genech spojených s rizikem vzniku nádorového onemocnění. Součástí bude kompletní pracovní postup detekce variant pomocí NGS včetně laboratorní přípravy NGS knihovny a následného bioinformatického vyhodnocení sekvenačních dat.

SureSelect QXT technologie je založena na přípravě knihovny enzymatickou fragmentací s následným cíleným obohacením (target enrichment) hybridizačními sondami. Vstupní množství je od 50ng DNA a v rámci workshopu bude mít každý možnost zpracovat si dva vlastní vzorky, které si přiveze. Hybridizační panel byl sestaven dle zadání kódu výkonu 94981 pro hereditární nádorová onemocnění – cílí tedy na kódující sekvence všech 22 genů definovaných kódem. Příprava knihovny trvá přibližně 1,5 dne – výhodou QXT kitu je pouze 90minutová hybridizace. Praktická část workshopu končí připravenými knihovnami. Sekvenaci budou následně provádět naši aplikační specialisté. Následná bioinformatická část bude zaměřena na vyhodnocení výsledných dat od zpracování hrubých sekvenačních čtení až po interpretaci detekovaných variant. Použit bude freeware software SureCall a také komplexnější nástroj Alissa.

Pro koho je workshop určený?

  • Workshop je určený pro zájemce, kteří by si rádi vyzkoušeli přípravu 22G Hereditary Cancer Panelu NGS knihovny z vlastních vzorků a zároveň vyhodnotili výsledky z její sekvenace.
  • Počet účastníku je maximálně 8.

Co je náplní workshopu?

  • Nabízíme dvoudenní praktický workshop na přípravu NGS knihovny použitím SureSelect QXT technologie od Agilent Technologies.
  • Panel je zaměřený na detekci germinálních mutací v genech spojených s nádorovými onemocněními. Cílem jsou geny zahrnuté v kódu výkonu 94981 dle úhrad zdravotních pojišťoven.
  • Následovat bude také bioinformatická část workshopu s vyhodnocením dat ze sekvenace pomocí software SureCall a Alissa – termín bude upřesněn dle domluvy mezi účastníky.

Kdy:

  • Praktická část – 26. a 27. června 2018
  • Bioinformatická část – dle domluvy (přelom červenec/srpen)

Kde: HPST, s.r.o., Na Jetelce 69/2, Praha 9 - Vysočany (mapa)

Školitelé: Mgr. Tomáš Antl, Mgr. Tomáš Hron, Ph.D.

Cena: 8.500,- Kč bez DPH (V ceně jsou zahrnuty obě části, tedy praktická část ibioinformatický workshop včetně sekvenace a také občerstvení v průběhu kurzů)

Registrace: e-mailem na dgg [at] hpst.cz (do předmětu prosím uveďte „Workshop – Hereditary Cancer“)