Praktický workshop přípravy transkriptomové NGS knihovny pomocí Swift RNA Library kitu s vyhodnocením dat

Otestujte si pod odborným vedením vlastní vzorky mRNA pomocí sekvenace nové generace. V rámci workshopu si vyzkoušíte analýzu mRNA – stanovení diferenciální exprese. Součástí bude kompletní pracovní postup - laboratorní příprava NGS knihovny, vlastní sekvenování a následné bioinformatické vyhodnocení sekvenačních dat.
 
Co je náplní workshopu?
Nabízíme jednodenní praktický workshop na přípravu transkriptomové NGS knihovny pomocí Swift RNA Library kitu včetně sekvenace na Ilumina® NextSeq. Každý účastník bude mít v rámci workshopu možnost zpracovat 1 párový vzorek (kontrola + vlastní vzorek). Celkem tedy 2 transkriptomové knihovny. Součástí bude také následné vyhodnocení sekvenačních dat pomocí specializovaných bioinformatických nástrojů. Termín této části workshopu bude upřesněn dle domluvy mezi účastníky
 
Pro koho je workshop určený?
  • Workshop je určený pro zájemce, kteří by si rádi vyzkoušeli přípravu a analýzu transkriptomové NGS knihovny pomocí Swift RNA Library kitu z vlastních vzorků.
  • Počet účastníku je maximálně 6.
Workshop bude probíhat
  • Praktická část – úterý  8. 9. 2020
  • Bioinformatická část – dle domluvy
Školitelé: Mgr. Petr Lněnička, Mgr. Tomáš Hron, Ph.D.
Cena: 5 500,- Kč bez DPH (v ceně jsou zahrnuty obě části, tedy praktická část i bioinformatický workshop, včetně sekvenace a také občerstvení v průběhu kurzů)
Registrace: e-mailem na dgg [at] hpst.cz (dgg [at] hpst.cz) (do předmětu prosím uveďte „Workshop – SWIFT RNA“)
 
Praktická část workshopu končí připravenými knihovnami. Sekvenaci budou následně provádět naši aplikační specialisté. Následná bioinformatická část bude zaměřena na vyhodnocení výsledků od zpracování hrubých sekvenačních dat, přes analýzu diferenciální exprese až po interpretaci. 
Firma Swift Biosciences nabízí rychlý a robustní systém přípravy NGS trankriptomových knihoven pro Ilumina® sekvenátory a to z široké škály vstupních množství RNA. Využití patentované  Adaptase® technologie umožňuje tvorbu knihovny přímo z prvního řetězce cDNA bez nutnosti syntézy druhého řetězce cDNA a jeho degradace nebo template switchingu. Systém je kompatibilní s širokou škálou doplňkových metod (hybridisation-based target enrichment, mRNA enrichment, rRNA deplece…)
 
Výhody systému Swift RNA Library kit:
  • Kvalitní generovaná data (vysoká mapabilita, pokrytí transkriptů a citlivá detekce genů)
  • Široké rozpětí vstupních koncentrací RNA (10 ng – 1 μg total RNA nebo 100 pg – 100 ng mRNA)
  • Robustnost (minimum adapter-dimerů v celém rozsahu vstupních koncentrací a to bez nutnosti adaptéry titrovat) 
  • Rychlost a flexibilita (4,5 hod; řada indexovacích možností včetně 96 unique dual-sided a 768 combinatorial dual-sided) 
  • Cena
Bližší informace ZDE
 
Těšíme se na setkání.
V případě dalších dotazů nás neváhejte kontaktovat na dgg [at] hpst.cz