Praktické základy genomiky a sekvenačních technologií nové generace

pro registraci a informaci o termínech pište na tomas.hron [at] hpst.cz

Kurz je určen pro pracovníky výzkumných a diagnostických laboratoří, kteří si chtějí prohloubit základní znalosti v genomice a analýze sekvenačních dat.
Jednodenní kurz vám pomůže zorientovat se v základech bioinformatické analýzy a naučí vás účelně využívat dostupné genomické databáze jako NCBI a UCSC. Dále vám přiblíží základní principy jednotlivých sekvenačních technik a poodhalí význam nejčastěji používaných formátů genomických dat (FASTA,FASTQ, SAM/BAM, VCF, BED ...).

Školitel: Mgr. Tomáš Hron, Ph.D

Délka školení: 1 den

Termín: 25.2. 2020 -přijímáme přihlášky

Místo:  ve školící místnosti HPST, s.r.o., Na Jetelce 69/2, Praha 9 (v blízkosti Nádraží Vysočany) - mapa

Cena: 4.500,- Kč bez DPH

Více informací nebo přihláška: Tomáš Hron, tel. 605 325 350 nebo piště na e-mail tomas.hron [at] hpst.cz

Program

Probírány budou základy běžných genomických analýz a principy sekvenace nové generace. Dále si vyzkoušíte práci s genomickými databázemi a nástroji, které vám umožní získat potřebná data (UCSC genome browser, UCSC table browser, Ensembl Variant Effect Predictor). V neposlední řadě vám budou také stručně představeny možnosti pro pokročilejší práci s genomickými daty (Galaxy, MySQL aj.). Nápň kurzu se pokusíme maximálně přizpůsobit vašim potřebám.

Teoretická část:

1. Princip sekvenačních technologií

2. Základy analýzy NGS dat

3. Struktura genomických databází

Praktická část

1. Práce s genomickými daty

2. UCSC Genome Browser / NCBI

3. Nástroje pro vyhledávání homologních úseků - BLAST/BLAT

4. Ensembl Variant Effect Predictor