Připravujeme pro Vás praktický jednodenní workshop ve dvou termínech, kdy jeden je zaměřený na začátečníky, a druhý na pokročilé použití a ovládání softwaru Cytogenomics od firmy Agilent a následné vyhodnocování a interpretaci výsledků analýz aCGH (postnatální a prenatální).
Termín 22.5. 2024 je určený pro ZAČÁTEČNÍKY (max. 10 osob)
Termín 23.5. 2024 je určený pro POKROČILÉ (max. 10 osob)
Obsahem workshopu Obsahem workshopu bude ovládání a nastavení programu Cytogenomics, práce s internetovými databázemi a zdroji sloužícími ke klasifikaci nálezů a diskuze nad problémy při vyhodnocování dat a interpretaci výsledků.
Kurz proběhne pod vedením odborníků pro danou problematiku, kteří se vyhodnocováním a interpretaci analýz aCGH věnují. Úvodem Vás provede Mgr. Monika Fleischhansová.
Adresa: Altium International s.r.o., Na Jetelce 69/2, 190 00 Praha 9
Začátek kurzu: 9:00 Konec kurzu: 16:00
Cena: 2 900 Kč bez DPH (včetně oběda a drobného občerstvení)
Chcete-li se přihlásit, napište nám na monika.fleischhansova@hpst.cz (do předmětu uveďte „Cytogenomics - Workshop“)
Pro koho je workshop určený?
- Workshop je určen pro uživatele metody aCGH a programu Cytogenomics (Agilent Technologies), kteří zvládají základní funkce softwaru (nahrání a analýza souboru, znalost základních funkcí).
- Počet účastníků je omezen na 10 na jeden termín.
Co je náplní workshopu pro začátečníky?
- Základní funkce softwaru Cytogenomics a práce s ním (nahrání souborů vč. zadávání atributů, zhodnocení kvality a QC parametrů, základní analýza a výběr algoritmů, zobrazení výsledků a jejich hodnocení, nahrávání vlastních referenčních dat a databází a práce s nimi).
- Diskuze nad problémy při vyhodnocování dat a interpretaci výsledků
Co je náplní workshopu pro pokročilé?
- Odborná přednáška na téma genomových databází, detekce aberací programem Cytogenomics a jejich klasifikace a interpretace.
- Používání softwaru Cytogenomics a interpretace dat.
- Vysvětlení vybraných algoritmů používaných v softwaru Cytogenomics.
- Na konkrétních příkladech se každý naučí nejen vyhodnotit, ale i interpretovat výsledky analýz aCGH.
- Seznámení s novými designy microarrayí.
- V druhé části bude prostor na Vaše dotazy a konzultace Vámi poslaných/přinesených případů (je třeba zaslat je předem; při velkém počtu budou probrány jen vybrané případy, ostatní dotazy budou individuálně zodpovězeny).
Co s sebou?
- Nic není potřeba - počítače jsou zajištěné, software předinstalovaný.
Poslání vlastních dat
Nabízíme možnost konzultace výsledků z Vašich analýz aCGH a pomoc s interpretací dat. V tomto případě nám zašlete podklady ideálně ve formátu extrahovaných dat v souboru .txt konkrétního pole, pokud půjde o konkrétní analýzu/nález (ev. i sample attribute file); pokud bude dotaz ve kvalitě čipu, tak tiff soubor. Doporučujeme použití některého systému pro přenos dat jako je např. uschovna.cz a zaslání odkazů na adresu: monika.fleischhansova@hpst.cz.
Termín pro zaslání souborů je nejpozději do 1.5. 2024.
Stručný popis metody aCGH
aCGH (array comparative genome hybridization) je technologie umožňující molekulárně-biologické analýzy paralelního rázu, především analýzy chromozomálních aberací. Array je skleněná destička s mnoha řetězci DNA oligonukleotidů. Po kontaktu takovéto destičky s testovaným vzorkem − směsí označených DNA vláken − molekuly vzorku hybridizují s komplementárními molekulami přichycenými na destičce. Poté jsou (typicky na bázi fluorescence) detekována místa, kde došlo k hybridizaci, a je tak zjištěno, jaké množství cílových sekvencí DNA vzorek obsahoval. Jediný experiment produkuje velké množství dat, proto je pro porozumění výsledků vždy nutné použít metody bioinformatiky.