Připravujeme pro vás praktický jednodenní workshop zaměřený na přípravu NGS knihovny určené pro detekci CNV (copy-number variation) ze vzorků s minimálním vstupním množstvím DNA.
Otestujte si vlastní vzorky technikou target enrichment pod odborným vedením. Během workshopu si vyzkoušíte přípravu vlastních vzorků a projdete si kompletní laboratorní postup.
Pro koho je workshop určený?
- Workshop je určený všem zájemcům o praktické vyzkoušení přípravy knihovny pro detekci CNV pomocí NGS.
- Počet účastníků je omezen na 8.
Co je náplní workshopu?
-
Na workshop si může každý účastník přinést dva vzorky s buňkami nebo genomovou DNA. Během jednoho dne si každý účastník připraví knihovnu s tím, že si lze s námi domluvit i osekvenování těchto vzorků a zúčastnit se i volně navazujícího bioinformatického kurzu, jehož součástí bude i analýza těchto osekvenovaných dat. Součástí tohoto jednodenního workshopu jei rešeršní úvodní přednáška do bioinformatické analýzy CNV.
-
Téma dataanlýzy CNV bude dále rozvinuto ve výše zmíněném samostatném bioinformatickém kurzu.
-
Knihovny budou připraveny pomocí kitu PicoPlex DNA-seq (Takara).
PicoPlex DNA-seq Kit je sada na přípravu knihovny pro NGS (platformy Illumina). Tento systém je zejména vhodný pro preimplantační diagnostiku, prenatální vzorky a pro experimenty pracující s velmi malým vstupním množstvím DNA. Díky kitu DNA-seq můžete spolehlivě a reproducibilně detekovat CNV a aneuploidie. To vše s minimálním vstupním množstvím DNA (z jednotlivých buněk, nebo 6-60 pg samotné genomová DNA). V jednom kitu najdete vše, co je nutné pro izolaci DNA i přípravu knihovny. Výhodou je rovněž protokol, který omezuje možnost kontaminací a to díky přípravě knihovny v jediné zkumavce. Za méně než 3 hodiny si můžete z jediné buňky připravit knihovnu pro NGS sekvenaci.
Kdy: 12. a 14. září 2017
Kde: laboratoř HPST, s.r.o., Praha
Školitel: Mgr. Tomáš Antl a Mgr. Tomáš Hron
Cena:
-
cena bez sekvenace: 4 500,- Kč bez DPH
-
cena se sekvenací: 6 000,- Kč bez DPH
V ceně je zahrnuto občerstvení a veškerý spotřební materiál.
Registrace: e-mailem na dgg [at] hpst.cz, do předmětu prosím uveďte "Analyza CNV - Workshop".
Časté otázky a odpovědi:
1. Jaké vzorky mohu pro přípravu knihovny použít?
Input od 1 do 10 savčích buněk (blastomery, polární tělíska, trofoblasty, amniocyty, buňky z kultur). Vysortované chromozomy. Izolovaná DNA (6-60 pg lidské DNA).
2. Jak je protokol dlouhý?
Přibližně tři hodiny, od buněčné lýze až po připravenou sekvenovatelnou knihovnu.
3. Jaké typy buněk byly s PicoPlex DNA-seq Kitem testovány?
Jednotlivé blastomery, buňky trofektodermu a buňky z kultur.
4. Jaké metody sběru buněk jsou kompatibilní s kitem PicoPLEX DNA-seq?
Flow sorting, ředění a mikromanipulace jsou vše metody kompatibilní s kitem PicoPLEX DNA-seq.
5. Měly by být buňky nějak předem promyté?
Ano, buňky by měly být promyté kvůli minimalizaci extracelulární DNA nebo kontaminaci z růstového média. Doporučené je promýt buňky v PBS (Ca-free, Mg-free, and BSA-free).
Potřebujete více informací?
Kontaktujte prosím Mgr. Tomáš Antla nebo Mgr. Tomáše Hrona na 244 001 245 nebo e-mailem na dgg [at] hpst.cz.