HaloPlex: princip metody

Princip metody HaloPlex

Systém HaloPlex™ Target Enrichment umožňuje rychlou, jednoduchou a efektivní analýzu vámi vybraných genomových oblastí u velkého počtu vzorků. Vlastní design prób o rozsahu až několik tisíc exonů je možné jednoduše vytvořit pomocí online aplikace SureDesign. Díky kombinaci cílené amplifikace v jedné zkumavce a jednoduchosti přípravy knihovny jsou celkový čas a náklady na přípravu sníženy, aniž by bylo potřeba pořizovat specializované přístroje nebo automatické stanice. Tím, že systém obsahuje 96 indexů a je kompatibilní s různými stolními sekvenátory i vysoce výkonnými platformami, je zaručena velká flexibilita, kterou potřebujete pro své experimenty. Konečně, tato metoda má prvotřídní výkon s vysokou specifitou, uniformitou a detekcí variant.

Postup:

Čtyři jednoduché kroky bez nutnosti přípravy knihovny:

1. Štěpení vzorku DNA 

Vzorek DNA je naštěpen pomocí restrikčních enzymů a následně denaturován. 

2. Hybridizace s próbami

Próby jsou přidány ke štěpenému vzorku a dochází k hybridizaci s fragmenty. Každá próba je navržena tak, aby nasedala na oba konce cílového restrikčního fragmentu DNA, a tím směřuje  fragmenty cílových oblastí ke tvorbě cirkulárních molekul DNA. Próba dále obsahuje sekvenční motiv specifický pro danou metodu a sekvenci tzv. bar kódu.

3. Přečištění a ligace cílových molekul

HaloPlex próby jsou biotinylované a cílové fragmenty tak mohou být vychytány pomocí magnetických streptavidinových kuliček. Kružnicové molekuly jsou poté uzavřeny ligací – velmi precizní reakcí, která zaručuje, že pouze dokonale hybridizované fragmenty jsou cirkularizovány.

4. Amplifikace cílových fragmentů pomocí PCR

K amplifikaci dochází pouze u cirkulárních DNA. Výsledkem je obohacený amplifikační produkt s bar kódem připravený k sekvenování.

 HaloPlex workflow

Vytvořte si svůj panel prób

Pouhé tři kroky od vzorku k sekvenátoru – vytvořte si jednoduše svůj vlastní panel prób za méně než 5 minut s aplikací SureDesign.

Odkaz na eSeminars.

Odkaz na videa.

 Pouze pro výzkumné účely. Není určeno pro použití v diagnostice.

Pro více informací nebo kontakt s produktovým nebo aplikačním specialistou se obracejte na dgg [at] hpst.cz nebo na tel. 244 001 245.